使用Discovery Studio执行分子对接LibDock |
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分子对接是把配体分子放在受体活性位点位置,找到配体-蛋白之间有利的结合模式。Libdock分子对接速度快,但是精度低,常用于从小分子数据库里筛选出与蛋白活性位点匹配的小分子。Libdock得出的结合模式需由MD模拟或其他方法进一步验证合理性。此外,Libdock得到的配体-蛋白复合物可作为MD模拟的起点结构。 本教程中,采用DS软件中LibDock,将查尔酮化合物B25对接到MDM2蛋白的活性位点。MDM2取自晶体结构1YCR。 ![]() 1. 定义蛋白受体 (1)在DS中打开蛋白:File → open,加氢:Chemistry → hydrogens → add; (2)定义蛋白受体:Tools → Receptor-Ligand Interactions → Define and Edit Binding Site → Define Receptor MDM2。Ctrl+h调出树状显示区,其中出现SBD_receptor。 (3)定义结合位点:Define site → from receptor cavities;调节结合位点大小:change site size → expand or contract。 ![]() 定义蛋白受体 2. 定义配体 (1)在DS中打开配体:File → open,加氢:Chemistry → hydrogens → add; (2)准备配体:Tools → Small Molecules → Prepare or Filter Ligands(Prepare Ligands); (3)Search small molecule conformations,产生9个conformations B25(1); (4) Minimization → Full Minimization,其中Input ligands 选择B25-(1):All; → Run,结束显示9 poses optimized。 ![]() ![]() 3. 分子对接 Tools → Receptor-Ligand Interactions → Dock Ligands → Dock Ligands (LibDock),其中Input Receptor选择MDM2:MDM2,Input Ligands选择B25-(1):All, Input site sphere为之前定义的球区域;点击Run运行分子对接。 ![]() 4. 查看对接结果 (1)共得到52个配体-蛋白复合物,观察结合模式 ![]() (2)分析配体-蛋白相互作用二维平面图 关闭所有窗口,找到LibDock作业对应的output文件夹。结果文件默认保存在:文档 → discovery studio。在DS中打开View Results,Tools → Receptor-Ligand Interactions → view interactions → show 2D Diagram,Step through ligand上下箭头可切换不同的pose。 ![]() (3) 统计所有poses与蛋白之间的相互作用 View interactions → analyze ligand poses,其中Create Heat Maps选择Favorable、Hydrogen bond → Run,运行结束后关闭所有窗口;找到analyze ligand poses 作业对应的output文件夹,在DS中打开Report.htm。结果文件默认保存在:文档 → discovery studio。 ![]() ![]() A. 分析氢键数热图 点击View Heat Map (HydrogenBond)得到氢键数热图,例如,GLY58、HIS96与很多Poses形成氢键。点击右图中栅格可看到左边列表中对应的Pose。 ![]() B. 分析过近接触数热图 点击View Heat Map (Favorable),得到过近接触数热图,选中右图栅格,可看到左边对应的pose。例如,VAL93与许多pose比较接近。 ![]() C. 分析残基与配体之间的相互作用 点击View interaction histogram (Residues),可得残基与配体之间形成的Favorable,氢键、疏水、Halogen相互作用。 ![]() |
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